Bien que le travail au sein la marine marchande semble plus sécuritaire que celui au sein de la Marine canadienne, les risques sont en réalité plus grands. En effet, les U-boot sont redoutables. Utilisés dans les deux guerres, ils ont torpillé et coulé plus de 60 navires marchands. Les mines sous-marines représentent elles aussi un grand danger puisqu’elles sont dissimulées dans les vagues ou sous les eaux.

Le fait que les navires marchands soient rarement dotés d’équipement militaire et leur lenteur en font des proies faciles pour les U-boot. Le bilan des décès est malheureusement lourd pour la marine marchande pendant la Deuxième Guerre : parmi les 12 000 marins, plus de 12 % sont décédés, contre 2 % des 100 000 engagés de la Marine.

Pour limiter le danger, d’autres mesures sont mises en place, en plus des convois. Certains navires installent des armes de défense, mais seuls des militaires peuvent les manipuler. Une solution plus rare est l’escorte arienne, permise par l’aménagement de plateforme sur le navire.